El Centro Nacional de Referencia en Parasitología (CNRP), de INCIENSA fue designado como el laboratorio de referencia de la Enfermedad de Chagas para Centro América en la XVa. Reunión de la Comisión Intergubernamental de la Iniciativa de los Países de Centroamérica y México (IPCAM), llevada a cabo en la ciudad de México, entre el 22 y 23 de octubre de 2013. El CNRP, realiza la vigilancia epidemiológica basada en laboratorio de las enfermedades parasitarias de notificación obligatoria o de importancia en salud pública del país. Lleva a cabo estudios epidemiológicos con el propósito de generar información para la implementación de estrategias y acciones, dirigidas a prevenir y controlar enfermedades parasitarias tales como la malaria, la Enfermedad de Chagas, la parasitosis intestinal y la Angiostrongiliasis abdominal. Asimismo, desarrolla programas de aseguramiento de la calidad mediante procesos de confirmación diagnóstica, la estandarización de metodologías diagnósticas de enfermedades parasitarias y evaluaciones externas del desempeño e inspecciones de la calidad, también, implementa programas de educación continua dirigida a los integrantes de la red de laboratorios con el fin de mejorar sus procesos.